Tõuomaduste parandamine vajas veterinaaride järjepidevat hoolt. Kui veel 1856. aastal oli Jessen kurtnud, et veterinaaridelt ei eeldatud teadusliku stuudiumi läbimist, vaid üksnes praktilist ettevalmistust, siis 1870. aastate alguseks oli olukord muutunud. Nüüd arutleti Peterburis selle üle, kas kõrgemad veterinaariakoolid Tartus ja Harkovis sulgeda ja viia kogu veterinaariaõpe ülikoolidesse või siis kujundada nad hoopis kõrgema teadustasemega instituutideks. Lõpuks viimast teed mindigi ja 1873. aastal alustas tööd rohkemate õppetoolidega Tartu veterinaariainstituut. Riikliku hobusekasvatuse valitsuse baltisakslasest juhi Moritz von Engelhardti toetusel alustati sõjaväe velskrite õpetamist, kel oli õigus pärast kolmeaastast väljaõpet töötada kõikjal impeeriumis.
Loomaarsti populaarsus kasvab
Veterinaariainstiuutide vähesus Vene impeeriumis (Tartus, Harkovis, Kaasanis) ja venekeelsed õppekavad tõid endaga kaasa Vene impeeriumi avarustest tulnute kasvu instituudi õpilaste seas alates 1885. aastast. Kokku lõpetas Tartu veterinaariakooli aastail 1848–1918 1748 noort (25 aastas) ning ca 200 velskrit. Suuresti leidsid nad rakendust laias impeeriumis, sest Eesti alal töötas 1903. aastal 54 veterinaari, Läti alal 77 – igal loomaarstil tuli vastutada ca Hiiumaa suuruse ala eest.
Seoses Esimese maailmasõjaga anti 1916. aastal veterinaariainstituutidele uue põhikirjaga võimalus täilikult iseseisvuda ülikoolidest ja suurendati instituudi õppejõudkonda 11-lt 32 õppekohani. Esimest korda seisis ka põhikirjas, et rahvahariduse ministril on õigus piirata vastuvõttu, seni polnud seda tehtud.
Iseseisvus muudab kõrghariduspilti
Uue põhikirja järgi ei jõudnud Tartu veterinaariainstituut siiski tööle hakata. Esimese maailmasõja lõpp tõi Eestile iseseisvuse ning venekeelne Tartu ülikooli oli kavas ümber kujundada eestikeelseks ülikooliks. Veterinaariainstituudil oli kaks võimalust: kas ühineda teaduskonnana Tartu ülikooliga või uksed kinni panna. Valiti esimene võimalus, kuid suuresti saksakeelne õppejõudkond oli paljudele eesti õppejõududele ja üliõpilastele vastukarva. Pärast baltisakslaste mõisate natsionaliseerimist Eestis suurmajandeid enam ei olnud ja veterinaaria oli kõige kallim eriala Tartu ülikoolis. Tundus, et odavam on koolitada väheseid vajalikke veterinaare välismaal. Samas alustas välis- ja seejärel rahandusministriks saanud Otto Strandman 1924. aastal uue poliitikaga, mille eesmärgiks oli viia Eesti põllumajandustoodang välisturgudele. Tõenäoliselt oli see üks argumente, et pärast tuliseid vaidlusi riigikogus, otsustati looma-arstiteaduskonda siiski mitte likvideerida ja jätta 1925. aastal vastuvõetud Tartu ülikooli seadusesse. 1938. aastal valmis isegi loomaarstiteaduskonna haavakliinik, see oli üks väheseid uusi hooneid, mis ülikool Eesti Vabariigi ajal endale sai.