Alternatiive jagub, probleeme on igal pool
Feneetiline taksonoomia, mis üritab organisme klassifitseerida nende üldise sarnasuse alusel, ei ole tänapäeval enam tõsiselt võetav, kuna teooriavabalt võivad kaks organismi olla omavahel lõpmatutel viisidel sarnased või erinevad. Evolutsiooniline taksonoomia, millel Linné taksonoomia moodne variant näib enim põhinevat, võtab arvesse nii organismirühmade põlvnevussuhteid kui ka nende evolutsiooni käigus kujunenud sarnasuste ja erinevuste määra.
Järjest enam populaarsust koguv fülogeneetiline ehk kladistlik taksonoomia aga sätestab, et ainsad looduses esinevad reaalsed taksonoomilised üksused on monofüleetilised rühmad, mis koosnevad ainult vanemrühmast ning kõigist selle vanemrühma järglasrühmadest.
Praegu üldtunnustatud bioloogilises klassifikatsioonis leidub üksusi, mis kladismi kohaselt reaalsed monofüleetilised üksused ei ole. Üks selline tuntud näide on roomajate klass: sellest on omaette klassina välja jäetud linnud, kes ometi põlvnevad roomajatega samast vanemrühmast. Kuna roomajate klass ei kätke kõiki sama vanemrühma järglasrühmi, pole tegu monofüleetilise, vaid parafüleetilise grupiga. Roomajate ja lindude vahel on taksonoomiline eristus tehtud evolutsioonilise taksonoomia põhjal ehk arvesse on võetud seda, et linnud on evolutsiooni käigus arenenud roomajatest palju erinevamaks, kui seda on roomajad omavahel.
Nende kahe taksonoomia vastuolu ei tähenda tingimata seda, et alati tuleks õigus anda kladismile: on olukordi, kus võib olla pragmaatilisem ja informatiivsem rakendada osaliselt sarnasuse järgi moodustatud üksusi kui pelgalt põlvnevussuhteid kajastavaid monofüleetilisi gruppe. Viimased võivad mõnes teoreetilises kontekstis olla üsna ’tühjad’: kui neid moodustavad omavahel suuresti erinevate organismide rühmad, ei saa nende kohta alati kuigi huvitavaid ja sisukaid üldistusi teha.